Ateenas peetud 1906. aasta olümpiamängud osutusid erakordseks, kuna nende korraldajad ei täitnud traditsiooniliste nelja-aastaste mängude vaheaja nõuet. Sel põhjusel ei tunnistanud Rahvusvaheline Olümpiakomitee isegi olümpiat ametlikult.
1906. aasta mängud peeti ka Ateenas peetud esimese olümpiaadi kümnendat aastapäeva. Kahe ürituse seose täiendavaks rõhutamiseks valisid olümpia korraldajad sama võistlusskeemi nagu 1896. aastal. Valdavalt peeti võistlusi Marmori staadionil.
Algul, kui Kreekalt saadi ettepanek korraldada olümpia 1906. aastal, ROK kategoorilist keeldumist ei teinud. Fakt on see, et selleks ajaks oli olümpiamängude prestiiž langenud ja avalikkus ei näidanud enam endist huvi nende vastu. Olümpialiikumise lõpliku kokkuvarisemise vältimiseks oli vaja võtta meetmeid ja 1908. aastani oodata polnud enam võimalust. Ja kuigi ROK keeldub hiljem tunnustamast 1906. aasta olümpiamänge, nimetatakse seda mängude päästmiseks, mis võimaldas avalikkusel ja eriti sportlastel üritusele naasta, toetada liikumist ja selle ideed.
Raskusi valmistas ka asjaolu, et vastavalt traditsioonidele pidid olümpiamängud toimuma maailma erinevates riikides, kuid 1906. aastal plaaniti üritus korraldada Kreekas, mis põhjustas ROK-i liikmete rahulolematust. Nii või teisiti, kuid 22. aprillil peeti mängude pidulik avamine. Kuna meedia keskendus 1906. aasta olümpiamängudele, saabus Ateenasse palju sportlasi ja külalisi.
Üritusel osales umbes 900 sportlast 20 riigist, pealegi oli nende seas seitse naist. 1906. aasta olümpiamängude raames toimusid võistlused järgmistel spordialadel: tõstmine, kreeka-rooma maadlus, vehklemine, sõudmine, purjetamine, ujumine, sukeldumine, kergejõustik, lõks- ja kuulilaskmine, jalgrattasõit ja tennis. Kuna ROK ei tunnustanud 1906. aasta olümpiamänge, olid kahjuks kõik selle osalejate poolt saadud auhinnad kehtetud ja neid ei võetud tulevikus arvesse.
Olümpia lõpetamistseremoonia toimus 2. mail. Pärast ürituse lõppu arutati selle tulemusi pikka aega erinevates riikides, mis suurendas oluliselt avalikkuse huvi mängude vastu. See hakkas eriti silma 1908. aasta Londoni olümpiamängudel, millest võttis osa üle 2000 sportlase.